第二次世界大战前夕，日本在中国东北扶植建立满洲国，更于哈尔滨设立从事细菌武器研究的731部队研究本部。1945年2月，日军军医中将石井四郎返回并执掌731部队，与他一同到来的，还有一班出自千叶县的少年队员。小队员们组成的少年班被军方寄予重望，他们和研发中的新式细菌武器被看做挽救日本败势的希望所在。少年班在严苛的训练中被强迫观看用中国人、朝鲜人和白俄做试验用“马路大”的冻伤实验、细菌炸弹实验以及活体解剖实验，少年天性被血腥的场面感染、扭曲。1945年初夏，日本军国主义的失败已经不可避免，石井四郎疯狂的尝试制作鼠疫炸弹拯救“大日本帝国”，但法西斯的覆灭近在眼前……可是在黑暗笼罩之下，这里的几十颗树就像是一片无穷无尽的原始森林一样把方镜还有所剩不多的同学全部困死在了里面，无论他们往什么方向走，至始至终都在这树林里，一直没有出去。